Historia miejsca

           Kościół – tak samo jak i znajdująca się na tym terenie kiedyś wieś, był własnością opactwa w Tyńcu. Pierwszym źródłem historycznym, w którym wspomniano tą świątynię jest papieska bulla – wpis w dokumencie wydanym przez Grzegorza IX w 1229, potwierdza własność benedyktyńskiego opactwa w Tyńcu. Nie znana jest dziś dokładna data powstania tego kościoła i nieznani są jej pierwsi fundatorzy, odkryty przez archeologów w fundamentach zarys czworobocznej budowli romańskiej pozwala historykom wskazać na 1. połowę XII wieku jako czas jej wzniesienia. Kościół prawdopodobnie powstał jako kaplica, ale już w 1327 pełnił funkcję kościoła parafialnego, a parafia obejmowała kilka podkrakowskich wsi, między innymi Prądnik, Grzegórzki, Dąbie.

           Pierwotnie kościół św. Mikołaja był niedużą, romańską budowlą o jednej kwadratowej nawie z kwadratową kruchtą. Śladem po romańskiej świątyni jest odsłonięta i widoczna w kaplicy Matki Bożej Bolesnej część północnej, romańskiej ściany nawy. Już na przełomie XIII i XIV wieku kościół został powiększony - przedłużono prezbiterium i dobudowano od strony północnej zakrystię (dzisiejszą kaplicę Matki Bożej Bolesnej). Wtedy też wewnątrz kościoła wprowadzono znaczące zmiany – między innymi wykonano krzyżowo-żebrowe sklepienia. Jeszcze w 1. połowie XIV wieku ponownie rozbudowano kościół – cała jego istniejąca część została zmieniona w długie prostokątne prezbiterium, a od zachodniej strony dobudowano nieco szerszą nawę.

           Przełomowym momentem dla tego kościoła był rok 1456 - wtedy został przekazany przez opactwo tynieckie Uniwersytetowi Krakowskiemu. Dzięki opiece uniwersytetu i wsparciu licznych fundacji kościół był rozbudowany i wyposażony, przy kościele powstał szpital dla ubogich. W 2. połowie XVI wieku powstała przy kościele nowa, większa zakrystia, w XVII wieku nawę przedłużono o jeszcze jedno przęsło, a od strony północnej dobudowano nawę boczną.

           Niestety przez kolejne stulecia świątynia wielokrotnie ulegała poważnym zniszczeniom, a położenie poza murami miasta szczególnie narażało ją na zniszczenia w czasie walk i wojen. Kilkakrotnie zniszczyły ją pożary, w 1652 została zalana przez wylewającą Wisłę, a dosłownie kilka lat później została kompletnie zniszczona w czasie potopu szwedzkiego.

           W 2. połowie XVII wieku odbudowano kościół – a właściwie zbudowano go prawie od nowa i poświęcono w 1682 roku. Niecałe sto lat później, w 2. połowie XVIII wieku walki konfederatów barskich przyniosły kolejne zniszczenia dla parafii i kościoła – spłonęły budynki plebanii i szkoły, a wnętrze kościoła zostało splądrowane i ogołocone z cennego wyposażenia. Odbudowa zniszczonych budynków i ponowne wyposażanie kościoła trwało do 1783 roku. Pod koniec XIX wieku w kościele św. Mikołaja przeprowadzono gruntowną renowację, w latach 1891 - 1893 powstała neorenesansowa polichromia. Na początku XX wieku wprowadzono znaczące zmiany w wyglądzie kościoła - projekty przebudowy przygotował architekt Aleksander Biborski, do korpusu kościoła dobudowano drugą nawę boczną od strony południowej, a do prezbiterium – również od strony południowej dostawiono nową zakrystię z przedsionkiem.