Nazwa Czyżyny, dawniej Cyrino, Cirin, Cirini, Czyrzyn, Czyrzyny ma charakter dzierżawczy, przezwiskowy, pochodzi od nazwy osobowej Czyra, pisownia wyrazu powstała pod wpływem wyrazu czyż, Czyzów.

           Wieś Czyżyny była położona 6 km na północny - wschód od centrum Krakowa, przy dawnych drogach handlowych z Krakowa: przez Mogiłę na Ruś (trakt biegł w przybliżeniu wzdłuż dzisiejszej al. Jana Pawła II) oraz do Wiślicy. Graniczyła od północnego - zachodu i zachodu z Rakowicami, od północnego - wschodu z Bieńczycami, od południowego - zachodu z Dąbiem, od południa z Łęgiem, od południowego - wschodu z Mogiłą.

            Zabudowa wsi miała charakter zwarty, typu śródplacowego. Najstarsze skupisko osadnicze w Czyżynach znajdowało się w rejonie dzisiejszych ulic Woźniców, Łowniczej, J. Tuwima, Fr. Wężyka.

           W średniowieczu pomiędzy Dąbiem a Czyżynami w pobliżu traktu mogilskiego wzmiankowana była wieś (siedlisko) Praczów (Pracze), która należała do klasztoru cystersów w Koprzywnicy, następnie do klasztoru w Mogile.

           Od czasów średniowiecza Czyżyny przynależały do parafii św. Bartłomieja w Mogile. W dniu 15.04.1951 została erygowana parafia pod wezwaniem Judy Tadeusza w Czyżynach.

           Wieś Czyżyny stanowiła własność książęcą oraz rycerską, po raz pierwszy wzmiankowana w źródłach w 1217 jako Cyrino. W tym właśnie roku książę Leszek Biały podarował klasztorowi Bożogrobowców w Miechowie karczmę w miejscu zwanym Cyrino (Czyżyny). W 1238 książę Henryk I Brodaty nadał klasztorowi Cystersów w Mogile dział Truskilewic w Czyżynach, następnie w 1250 potwierdził wspomniane nadanie książę Bolesław Wstydliwy. W 1244 biskup krakowski Prandota z Białaczewa nadał klasztorowi mogilskiemu dziesięciny z wsi Czyżyny. W połowie XIII wieku Więcław, kapelan kościoła św. Wojciecha w Krakowie sprzedał swoją część Czyżyn klasztorowi mogilskiemu. W 1294 król Wacław II zezwolił klasztorowi mogilskiemu lokować na prawie niemieckim szereg wsi, w tym Czyżyny, powyższy dokument potwierdził w 1336 król Kazimierz Wielki. W 1345 w Czyżynach rozlokowały się wojska króla czeskiego Jana Luksemburskiego z zamiarem opanowania Krakowa. W 1348 wzmiankowany jest w Czyżynach wielki kamienny most nad bagnem Czyżyny (palus Czirzini) przy szlaku handlowym na Ruś, w pobliżu ówczesnej granicy pomiędzy Czyżynami, a Dąbiem. W 1348 król Kazimierz Wielki zezwolił klasztorowi mogilskiemu na założenie karczmy przy moście Kamiennym, z czasem karczma nosiła nazwę Kamiennej.

            Według opisu Jana Długosza z 1470 - 1480 wieś stanowiła własność klasztoru w Mogile. Wieś liczyła 7 łanów kmiecych, znajdowały się tu 2 karczmy. W 1568 została zawarta ugoda pomiędzy miastem Krakowem, a opatem mogilskim Marcinem Białobrzeskim (zm. 1586) biskupem sufraganem krakowskim, o możliwości wypasu bydła na błoniu miejskim przy Czyżynach. W 1572 podczas zarazy morowego powietrza zakonnicy mogilscy opuścili zabudowania klasztorne i tymczasowo osiedli w zbudowanych chatach wiejskich nad brzegiem wielkiego stawu we wsi Czyżyny. W 1652 we wsi wybuchł wielki pożar. W 1655 nad stawem Czyżyńskim stacjonował oddział starosty nowomiejskiego Dembińskiego. W czasie wojny szwedzkiej wieś została w znacznym stopniu zniszczona.

            W dniu 16.VI.1787 w Czyżynach został uroczyście powitany przez szlachtę województwa krakowskiego król Stanisław August Poniatowski.

            W 1789 Czyżyny pozostawały w rękach klasztoru Cystersów w Mogile; wraz z Łęgiem liczyły 627 mieszkańców, 102 domy. Znajdował się tu dwór z folwarkiem, karczma oraz 100 chałup.

            Na zachodnich obrzeżach wsi pod koniec lat osiemdziesiątych XIX wieku został wzniesiony przez Austriaków fort reditowy Pszorna „15”.

            W 1870 Czyżyny z Łęgiem liczyły 838 mieszkańców. Obszar dworski liczył 357 morgów i nadal należał do klasztoru O.O. Cystersów w Mogile. Gromada posiadała 1240 morgów ziemi.

            Od 1876 istniała jednoklasowa szkoła ludowa w Czyżynach. Na przełomie XIX i XX wieku znajdował się w Czyżynach dwór z zabudowaniami folwarcznymi, karczma, młyn parowy, tartak, cegielnia Zofii Sitkowej. Od 1899 funkcjonowała stacja kolejowa na linii Kraków – Kocmyrzów, a od 1900 kursowały przez Czyżyny pociągi relacji Kraków - Mogiła.

            W 1894 mieszkańcy wsi wznieśli murowaną kapliczkę Chrystusa Frasobliwego.

            W 1918 powstało, częściowo na terenie północnych Czyżyn, lotnisko wojskowe, od 1923 lotnisko cywilne w Rakowicach - Czyżynach. W 1923 w pobliżu zachodniej granicy Czyżyn na terenie Rakowic powstały duże zakłady przemysłu zbożowego należące do spółki komandytowej „Łuszczarnie i Młyny Krakowskie Wasserberger i S-ka”. W latach 1929 - 1930 został wybudowany nowy budynek szkoły. W 1931 wieś liczyła 210 budynków oraz 2010 mieszkańców. We wschodniej części Czyżyn został wybudowany w latach 1936 - 1938 nowoczesny zakład fermentowni, należący do Polskiego Monopolu Tytoniowego. Rozbudowa zakładu nastąpiła w latach pięćdziesiątych XX wieku. W 1953 uruchomiono Wytwórnię Papierosów w Czyżynach, późniejsze Zakłady Przemysłu Tytoniowego w Krakowie, obecnie Philip Morris Polska SA.

            W listopadzie 1952 uruchomiono linię tramwajową łączącą Rondo Mogilskie, Czyżyny oraz Centrum Administracyjne Nowej Huty. W 1963 zlikwidowano ze względu na rozbudowę miasta lotnisko w Rakowicach - Czyżynach oraz linię kolejową Kraków - Kocmyrzów. W 1963 na terenie zlikwidowanego lotniska założono Muzeum Lotnictwa i Astronautyki. Decyzja o likwidacji lotniska stworzyła też duże możliwości rozwoju osiedlowego budownictwa mieszkaniowego, m. in. w latach sześćdziesiątych XX wieku powstało osiedle Kolorowe, w latach 1977 – 1988 powstało os. Dywizjonu 303, w latach 1979 - 1984 powstało nowoczesne osiedle II Pułku Lotniczego (część północna), część południowa osiedla w latach 1985 - 1990 wg projektu W. Cęckiewicza, M. Czerwińskiej i K. Szopińskiej. Budynki mieszkalne 4 – 11-kondygnacyjne w technologii wielkopłytowej i ślizgowej wg projektu M. i J. Chronowskich oraz S. Golonki. Na osiedlach zbudowano 2 szkoły, 4 przedszkola, żłobek, 2 przychodnie lekarskie oraz pawilony handlowo – usługowe.

           W latach 70. XX wieku powstały domy studenckie Politechniki Krakowskiej, wg projektu T. i M. Mańkowskich, Z. Nowakowskiej, na przełomie lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych XX wieku na terenie Czyżyn powstał zespół budynków naukowo - dydaktycznych i socjalnych Akademii Wychowania Fizycznego (projekt L. Filar z zespołem) oraz wybudowano budynki Wydziału Mechanicznego Politechniki Krakowskiej (projekt W. Cęckiewicz z zespołem).

           W 1998 koło terenów Politechniki wyznaczono park technologiczny.

           Czyżyny włączono do Krakowa dekretem Generalnej Guberni z 1941 jako XLIV dzielnicę katastralną, do 1951 należały do dzielnicy Grzegórzki, następnie do dzielnicy Nowa Huta. Od 1991 tworzą XIV dzielnicę samorządową.

Zabytki:

           W latach 1936 - 1939 został wybudowany przy dzisiejszej ul. Wężyka 6 kościół pod wezwaniem św. Judy Tadeusza Apostoła w Czyżynach. Kościół powstał dzięki inicjatywie księdza Józefa Zastawniaka, proboszcza mogilskiego oraz pomocy księdza biskupa Adama Stefana Sapiehy.

           Na terenie dawnego fortu Pszorna w latach sześćdziesiątych XX wieku powstał duży Park Kultury i Wypoczynku, obecnie Park Lotników Polskich. Jedyny duży kompleks zielony założony w Krakowie po II wojnie światowej (celem było izolowanie Krakowa od Nowej Huty). W parku wznosi się Pomnik Lotników Polskich poległych w latach 1939-1945 (pomnik zaprojektował i wykonał w 1989 wybitny krakowski rzeźbiarz Bronisław Chromy) oraz pomnik Chwała lotnikom (1970, głaz z inskrypcją).

           W 1995 na os. Dywizjonu 303 oddano do użytku kościół św. Brata Alberta, wzniesiony wg projektu W. Cęckiewicza.