Nazwa Chałupki pochodzi od wiejskiego domostwa, czyli chałupy.

           Osada była położona 14 km na wschód od Krakowa. Graniczyła od północy ze Stryjowem, Branicami, od wschodu z Wolą Rusiecką, od zachodu z Holendrami, od południa przez Wisłę z Grabiami. Zabudowa osady miała charakter rozproszony, wieloprzysiółkowy i rozciągała się wzdłuż dzisiejszych ulic Kłosowej, Truskawkowej, Żółwiej, Powojowej.

           Osada jest wymieniana w źródłach dopiero w XVIII wieku, ale prawdopodobnie istniała już w średniowieczu. Przez wieki teren ten należał do posiadłości rodziny Branickich.

           Można założyć hipotetycznie, że osada Chałupki jest tożsama z występującym od XV wieku w źródłach Zimnym Brzegiem. Z zapisu w Księgach grodzkich krakowskich z 1490 można wyciągnąć wniosek, że Zimny Brzeg leżał nieopodal Stryjowa. Mapy z XIX wieku pokazują, że pomiędzy Stryjowem a brzegiem Wisły leży miejscowość Chałupki.

           W latach 1782 – 1783 Chałupki podlegały parafii Grabie, następnie podporządkowano je parafii pod wezwaniem św. Grzegorza w Ruszczy.

           Pod koniec XVIII wieku jest notowana w Chałupkach przeprawa przez rzekę do prawobrzeżnej wsi Grabie. Czuwał nad nią konny strażnik celny pracujący w komorze w Wawrzeńczycach.

           W 1789 Chałupki zamieszkiwało 322 osób, znajdowało się tu 61 domostw. Po 1808 wieś przeszła w ręce rodziny Badenich i stała się przysiółkiem Branic.

           Chałupki należą do Krakowa od 1951 jako część dzielnicy Nowa Huta (od 1991 XVIII dzielnicy samorządowej).