ul. Szpitalna 10
Kościół i klasztor stoją w skrzyżowaniu ulic Szpitalnej i św. Tomasza. Dziś należy do zgromadzenia Duchaczek, które go prowadzą ale powstał dla karmelitów trzewiczkowych na Piasku.
Duchaczki, czyli Zgromadzenie Sióstr Kanoniczek Ducha Świętego de Saxia to żeńskie zgromadzenie pochodzące od Zakonu Ducha Świętego, który powstał w XII wieku we Francji z inicjatywy bł. Gwideona z Montpelier. Do Polski zakonników sprowadził krakowski biskup Iwo Odrowąż, wtedy powstał prowadzony przez zakon szpital w podkrakowskim Prądniku, a w XIII wieku biskup Prandota sprowadził ich bliżej miasta – kompleks szpitalno - klaszotrny duchaków powstał na placu św. Ducha, przy kościele św. Krzyża. Duchacy mieli również tam swój kościół św. Ducha, który nie zachował się do dziś, istniała tam również szkoła. Siostry duchaczki zajmowały się w szpitalu św. Ducha opieką nad kobietami.
Zanim wybudowano kościół św. Tomasza, w kamienicy na jego miejscu do 1591 mieściła się siedziba krakowskiego zboru ariańskiego. W 1. połowie XVII wieku kamienica została wykupiona przez Wespezjana Piotrowskiego, a on w 1618 podarował ją karmelitom trzewiczkowym na Piasku, aby mogli mieć swój kościół w granicach miasta. Kamienica została wówczas przebudowana, powstał niewielki kościół filialny, obok niego dobudowano klasztor dla zakonników. Kościół otrzymał wezwanie św. Tomasza i został poświęcony w 1621 roku. Karmelici opuścili kościół i klasztor na Szpitalnej w 2. połowie kolejnego stulecia, a na początku XIX wieku zabudowania po karmelitach zajęły siostry duchaczki.
Klasztor stojący przy kościele św. Tomasza został zbudowany w pierwszej połowie XVII wieku. Są to dwa prostokątne skrzydła, między nimi dziedziniec, przylegają do murów kościoła. Budowla jest murowana z cegły, elewacje otynkowane, jest trzypiętrowy – trzecie piętro zostało nadbudowane w 2. połowie XVIII wieku. Elewacje klasztorne widoczne są od ul. Szpitanej i ul. św. Tomasza. Siostry duchaczki do dziś prowadzą swoją działalność w Krakowie – pomagają chorym ze Szpitalu Zakonu Bonifratrów, pracują w Hospicjum św. Łazarza, pomagają samotnym i prowadzą przedszkole.