Kolegiata św. Anny jest silnie związana z kultem św. Jana z Kęt od samego jego początków. Święty ten, patron młodzieży akademickiej oraz środowisk naukowych uczczony został w kolegiacie pięknym mauzoleum. Ustawiony tam ołtarz wykonał Baltazar Fontana w latach 1695-1703, wg projektów Siemiginowskiego, który w projekcie realizował prawdopodobnie zamysł ks. Piskorskiego. Ołtarz ma formę konfesji - widzimy tam cztery duże figury męskie, które mają symbolizować cztery wydziały uniwersyteckie: Teologiczny, Prawny, Lekarski, Filozoficzny, które dźwigają nieduży sarkofag. Na sarkofagu umieszczona jest inkrustowana postać św. Jana Kantego, malowana przez malarza Wilhelma, a w zwieńczeniu - figura Baranka Bożego w promienistej glorii, wykonana przez Jana Ceyplera, wspominanego już wcześniej krakowskiego złotnika. Warto przyjrzeć się również ołtarzowemu antepedium, na którym zobaczymy bogatą dekorację o motywach kwiatowych z postacią anioła otoczonego wieńcem, trzymającego w rękach wieńce różane i wieniec laurowy. W narożnikach ołtarza, na wysokich postumentach, ustawiono cztery kręcone kolumny z dekorowanymi inkrustacją płycinami. Na tych kolumnach ustawiono cztery duże posągi - św. Jana Chrzciciela, św. Jana Ewangelisty, św. Jana Chryzostoma oraz św. Jana Damasceńskiego. Za ołtarzem znajduje się nisza z malowidłem ukazującym postaci aniołów z kadzielnicami.

            Dekorację malarską widzimy również na ścianach i na sklepieniu. Są tam ukazane sceny z życia św. Jana Kantego, wykonane przez Innocentego Montiego (malowidła na ścianach) i Karola Dankwarta (sklepienie). Na ścianie północno-zachodniej namalowano „Podarowanie płaszcza żebrakowi”, na ścianie północno-wschodniej „Zwrócenie płaszcza Świętemu przez Matkę Boską”. Na sklepieniu malowidła ujęto w dekoracyjne stiukowe ramy z roślinnych girland - tam przedstawiono sceny: „Cud z rozbitym dzbanem” oraz „Św. Jan Kanty z komentarzem z Ewangelii św. Mateusza”. Malowidło umieszczone pośrodku sklepienia przedstawiające „Gloryfikację św. Jana Kantego”, połączone jest z dekoracją rzeźbiarską: na gzymsie widzimy rzeźbione postaci Ojców Kościoła: św. Ambrożego, św. Grzegorza, św. Augustyna i św. Hieronima oraz aniołków. Nad belkowaniem, w południowo - wschodniej ścianie umieszczono okno ujęte w dekoracyjną ramę z promienistą glorią z hierogramem Chrystusa otoczoną figurkami aniołków. Na ścianie, po obu stronach okna, znajdują się płaskorzeźbione sceny: „Wizja św. Piotra” oraz „Nawrócenie św. Pawła”. W podłuczu arkady prowadzącej do kaplicy Św. Jana Chrzciciela widzimy malowane półpostacie z napisami nawiązującymi do żywotów św. Jana Kantego a na pilastrach tej arkady: płaskorzeźbione insygnia profesorskie i symbole wiedzy.