Treść dekoracji w nawie głównej jest oparta na Apokalipsie, przedstawia Kościół jako święte miasto, Niebiańską Jerozolimę. Na gurtach sklepiennych oraz w obramieniach lunet, podobnie jak w prezbiterium, wykonano piękną dekorację rzeźbiarską o motywach roślinnych.
W krzyżu kościoła, na skrzyżowaniu nawy i transeptu znajduje się kopuła. Jej bęben podzielony jest parzystymi pilastrami kompozytowymi na osiem pól, w których mieszczą się na przemian półkoliście zamknięte nisze i prostokątne okna. W niszach namalowane są postacie, które mają symbolizować cztery pierwsze sobory: Sobór nicejski 325 rok, Sobór konstantynopolitański 381 rok, Sobór efeski 431 rok oraz Sobór chalcedoński, 451 rok. Na pendentywach kopuły widzimy cztery personifikacje cnót kardynalnych: Roztropności (Prudentia), Sprawiedliwości (Iustitia), Męstwa (Fortitudo) i Wstrzemięźliwości (Temperantia). Natomiast czaszę kopuły pokrywa iluzjonistyczna wizja wykonana przez Dankwarta, która przedstawia otwarte jaśniejące niebo, Trójcę Świętą i ołtarz z Barankiem Bożym złożonym jako ofiara, a także Matkę Boską ze św. Janem Chrzcicielem i zastępy zasiadających w niebie świętych, proroków, apostołów, męczenników i biskupów.
Na filarach pod kopułą widzimy postacie Chrystusa i Matki Boskiej malowane techniką en grisaille - czyli monochromatycznie, tylko w odcieniach czerni, bieli i szarości, tak, by uzyskać obraz naśladujący rzeźbę. Chrystus symbolizuje tu kamień węgielny, czyli ten który wspiera i podtrzymuje Kościół, Matka Boska natomiast kamień Jakubowy, oznaczający Dom Boży — jest to nawiązanie do starotestamentalnego Jakuba, ojca dwunastu pokoleń Izraela. Malowane techniką en grisaille figury pojawiają się również na pozostałych filarach — są to figury dwunastu Apostołów, a każdy z nich podpisany jest nazwą drogocennego kamienia. Apostołowie mają symbolizować tu dwanaście warstw fundamentów świętego miasta, zgodnie z tekstem Apokalipsy widzimy: Piotra — jaspis, Tomasza — chryzolit, Pawła —szafir, Filipa — beryl, Andrzeja — chalcedon, Bartłomieja — topaz, Jakuba Starszego — szmaragd, Mateusza — chryzopraz, Jana — sardoniks, Szymona — hiacynt, Jakuba Młodszego — sardiusz (krwawnik) oraz Tadeusza — ametyst (Ap 21, 10 -21). Malowidła te wykonał Karol Dankwart w 1703 roku.
Również on jest autorem malowideł w poszczególnych przęsłach sklepienia, gdzie widzimy kolejne sceny nawiązujące do Apokalipsy: Św. Jana Ewangelistę i dwóch aniołów, jeden z nich trąbiący na Sąd Ostateczny, oraz personifikacje dwóch Błogosławieństw Bożych; Starca z księgą zamkniętą siedmioma pieczęciami; Dwudziestu Czterech Starców Apokaliptycznych zdejmujących korony przed Bogiem oraz Scenę Adoracji Baranka. W lunetach sklepiennych widzimy malowane personifikacje sześciu Błogosławieństw Bożych a w szczytach lunet - płaskorzeźbione medaliony również z personifikacjami Błogosławieństw. Na dekoracyjnej attyce, ponad belkowaniem znajdują się rzeźbione anioły - dwa z nich ukazane w chwili adoracji zawieszonego przed pierwszym przęsłem nawy Krzyża, pozostałe podtrzymują tarcze z symbolami Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny: zwierciadłem, księżycem, gołębiem, tarczą, słońcem i gwiazdą.
Przy pierwszym filarze po lewej stronie nawy głównej znajduje się późnobarokowa ambona - wykonał ją Antoni Frąckiewicz w latach 1720-1721. Ambonę zdobią złocone figury aniołów, w zwieńczeniu umieszczono gołębicę, symbol Ducha Świętego, w promienistej glorii. W południowo - zachodniej części kościoła znajduje się chór muzyczny - późnobarokowy, wykonany w 1. ćwierci XVIII wieku parapet chóru jest dekorowany motywem lambrekinów, a prostokątne płyciny mają bladoróżowy kolor. Organy ustawione na chórze pochodzą z lat 1723-1726, zostały wykonane przez mistrza Szymona Szadkowskiego. W ich zwieńczeniu zobaczyć można dwa kartusze herbowe: z herbem Uniwersytetu oraz z herbem Szeliga z półksiężycem i ustawionym na nim krzyżem. Analogicznie do przedstawienia na ścianie zamykającej prezbiterium, również w południowo - zachodniej ścianie nawy głównej znajduje się okno - tuż nad organami, a po jego obu stronach płaskorzeźbione postacie: św. Elżbieta oraz św. Zachariasz. Spośród elementów wyposażenia kościoła warto zwrócić również uwagę na piękne konfesjonały ustawione przy arkadach łączących nawę i kaplice — dwa z nich, późnobarokowe i cztery — rokokowe a także odlaną z brązu chrzcielnicę z 1. połowy XVII wieku.
W ramionach transeptu znajdują się: po stronie południowo-wschodniej: mauzoleum św. Jana Kantego a po stronie północno-zachodniej: Ołtarz Adoracji Krzyża.