Zakrystia - tak jak i skarbiec, jest sklepiona krzyżowo kolebkowo. Również tam pojawia się wspaniała dekoracja na sklepieniu. Zobaczymy tam stiukowe główki aniołków w obłokach oraz podtrzymywane przez anioły girlandy kwiatów i owoców. W narożnikach natomiast — medaliony przedstawiające symbole kapłańskie i Eucharystyczne: krucyfiks i szaty liturgiczne, ołtarz z książką, kielich z Hostią oraz ampułkę z tacką.
Meble w zakrystii pochodzą z 2. ćwierci XVIII wieku, są połączone z boazerią ścian. Poza tym na ścianach zakrystii zobaczyć można rokokowe portrety postaci związanych z kolegiatą i Uniwersytetem Krakowskim, między innymi portret Marcina Ossolińskiego, dziekana kolegiaty, czy portret Szymona Halicy, kanonika i profesora Uniwersytetu, z 2. połowy XVII wieku.