Kaplica Św. Jana Chrzciciela została ufundowana przez kanonika krakowskiego, Władysława Przerembskiego. W ołtarzu widzimy obraz autorstwa Karola Dankwarta, przedstawiający „Chrzest w Jordanie”. Na antepedium ołtarza umieszczono medalion z głowa św. Jana w misie i innymi atrybutami nawiązujący do śmierci św. Jana Chrzciciela: dwoma skrzyżowanymi mieczami oraz krzyżem.
Polichromię w kaplicy wykonał Innocenty Monti. Na pilastrach arkady przejściowej do nawy głównej widzimy: medalion z postacią Dzieciątka Jezus z kulą ziemską, umieszczony na tle motywów roślinnych płaskorzeźbione medaliony z postacią Dzieciątka Jezus z kulą ziemską oraz postać św. Jana Chrzciciela z barankiem. Na ścianach tarczowych widzimy dwie malowane sceny: Św. Jan Chrzciciel na pustyni oraz Ścięcie św. Jana Chrzciciela. Kopułę dekorują malowane putta na pendentywach, a na gzymsie pod kopułą: figurki aniołów wraz z atrybutami św. Jana: głową w misie, krzyżem i barankiem.