Kolejna z kaplic, kaplica Św. Sebastiana to fundacja ks. Sebastiana Piskorskiego, profesora Uniwersytetu. Polichromie w tej wykonał Karol Dankwarta. Zobaczymy tam architektoniczny ołtarz z owalnym obrazem ukazującym męczeńską śmierć św. Sebastiana, namalowany przez artystę z Mediolanu, Pawła Paganiego. Na antepedium ołtarzowym widzimy dekorację o motywach liści palmowych, będących symbolem męczenników, obraz flankują posągi aniołów na postumentach, a w zwieńczeniu ołtarza umieszczona jest promienista gloria z krzyżem w zwieńczeniu.

           Dekoracja rzeźbiarska w kaplicy jest w pewnym stopniu kontynuacją dekoracji wcześniejszych kaplic. Pojawiają się płaskorzeźbione symbole kapłańskie: między innymi tiara, krzyż, kadzielnica na pilastrach arkady w przejściu do nawy głównej, a na pilastrach arkad między kaplicami - płaskorzeźbione panoplia, czyli dekoracyjne motywy zbudowane z różnych elementów zbroi i broni. Na podniebiach arkad widzimy malowane medaliony z postaciami świętych, związanych z legendą św. Sebastiana - są tam: dwie chrześcijanki Irena i Lucyna oraz dwóch młodzieńców: Marek i Marcelin, z palmami męczeńskimi. Nad arkadami na ścianach tarczowych umieszczone są dwie płaskorzeźby, przedstawiające dwóch świętych - Aleksego i Rocha. Dekoracja malarska zdobi też kopułę - w pendentywach pojawiają się anioły z symbolami męczeństwa św. Sebastiana: sztandarem, kołczanem ze strzałami, rózgami liktorskimi oraz szyszakiem, u podstawy kopuły w czterech medalionach przedstawiono cztery postacie alegoryczne - kobiety z maczugą i lwem, z kolumną, z łukiem oraz z palmą.