Nawy boczne kościoła podzielone są na sześć kaplic. W nawie lewej, wymieniając od strony prezbiterium są to: kaplica św. Piotra w Okowach, kaplica św. Katarzyny Aleksandryjskiej, kaplica św. Sebastiana, a po prawej stronie: kaplica św. Jana Chrzciciela, Kaplica Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny oraz kaplica św. Józefa. Kaplice śś. Jana Chrzciciela, Józefa, Sebastiana i Piotra w okowach nakryte są pseudokopułami na pendentywach, natomiast w kaplicach Matki boskiej i Św. Katarzyny widzimy wsparte na pendentywach kopuły na rzucie elipsy, zwieńczone niedużymi latarniami. Wewnątrz ściany kaplic są rozczłonkowane płytkimi, półkolistymi arkadami. Nad arkadami komunikującymi nawę główną z kaplicami znajdują się malowidła wykonane w 1699 przez drugiego artystę pracującego przy malarskiej dekoracji kolegiaty - Karola Montiego. Widzimy tam dwanaście sybill - dwie nad każdą arkadą, z proroctwami przyjścia na świat Chrystusa.
