Pentaptyk

            W drugiej nawie bocznej zobaczymy jeden z cenniejszych zabytków znajdujących się w tym kościele. Jest to późnogotycki ołtarz (pentaptyk) z lat 1490 - 1505 – jest najprawdopodobniej dziełem jednego z małopolskich warsztatów, namalowany temperą na desce lipowej. Do kościoła św. Mikołaja został przeniesiony z wyburzonego w 1. połowie XIX wieku kościoła św. Gertrudy, zachował się bez oryginalnej predelli i ozdobiony został neogotycką ramą. Centralną część ołtarza wypełnia przedstawienie Koronacji Marii – scena ukazana jest na złotym tle, klęczącej Marii towarzyszą Bóg Ojciec, Jezus Chrystus, Duch Święty w postaci gołębicy oraz aniołowie. Dwie pary skrzydeł ołtarza są pomalowane dwustronnie, są ruchome – oryginalnym rozwiązaniem jest to, że skrzydła zewnętrzne obracają się wokół własnej osi. We wszystkich kwaterach skrzydeł zostały wykonane przedstawienia świętych – po dwie postaci w jednej kwaterze, wyjątek stanowią dwie górne kwatery skrzydeł obrotowych, gdzie umieszczono dwie sceny z życia dwóch świętych: Świętego Hieronima pod krzyżem oraz Mszę Świętego Grzegorza. W kwaterach rewersów skrzydeł wewnętrznych zobaczymy: śś. Małgorzatę i Barbarę, śś. Agnieszkę i Helenę, śś. Katarzynę i Dorotę oraz św. Wiktorię, na awersach tych skrzydeł natomiast: św. Bartłomieja, śś. Wojciecha i Wacława, śś. Floriana i Stanisława oraz śś. Piotra i Pawła. Na skrzydłach obrotowych przedstawiono: śś. Jana Ewangelistę i Jana Chrzciciela, śś. Jakuba i Mateusza, śś. Jerzego, śś. Wawrzyńca i Leonarda oraz śś Szczepana i Eustachego (jest też kilku nierozpoznanych świętych).

           Na ścianie południowej tej nawy bocznej umieszczono wczesnorenesansowy obraz, datowany na około 1515 - 1520 z przedstawieniem zwanym Sacra Conversazione, czyli Święta Rozmowa. Obraz przedstawia Matkę Bożą z Dzieciątkiem, stojącą w towarzystwie świętych Mikołaja i Stanisława Biskupa, umieszczonych na tle krajobrazu.