ul. Szpitalna 12
Kościół i klasztor Duchaczek stoją w samym pobliżu krakowskiego Rynku, w skrzyżowaniu ulic Szpitalnej i św. Tomasza.
Zanim wybudowano kościół św. Tomasza, w kamienicy na jego miejscu do 1591 mieściła się siedziba krakowskiego zboru ariańskiego. W 1. połowie XVII wieku kamienica została wykupiona przez Wespezjana Piotrowskiego, a on w 1618 podarował ją karmelitom trzewiczkowym na Piasku, aby mogli mieć swój kościół w granicach miasta. Kamienica została wówczas przebudowana, powstał niewielki kościół filialny, obok niego dobudowano klasztor dla zakonników. Kościół otrzymał wezwanie św. Tomasza i został poświęcony w 1621 roku. Karmelici opuścili kościół i klasztor na Szpitalnej w 2 połowie kolejnego stulecia, a na początku XIX wieku zabudowania po karmelitach zajęły siostry duchaczki.
Kościół św. Tomasza to wczesnobarokowa, bardzo kameralna budowla, murowana z cegły i otynkowana. Stoi na prostokątnym planie, fasadą jest skierowana ku ul. Szpitalnej a od stron południowo-zachodniej i północno-zachodniej przylegają do niego budynki klasztoru. Fasada kościoła jest dwukondygnacyjna, kondygnacje oddzielone są przełamującym się belkowaniem, wspartym na toskańskich pilastrach. W dolnej kondygnacji znajduje się wejście główne do kościoła – ujęte jest barkowym portalem, datowanym na 1. połowę XVII wieku. Portal wykonany został z czarnego marmuru dębnickiego, zwieńczony jest profilowanym przyczółkiem o odcinkowym łuku. Powyżej wejścia umieszczona jest wysoka nisza – dwie takie same nisze znajdują się w polach bocznych tej kondygnacji. W niszach ustawione są kamienne posągi, wykonane w 1. połowie XVII wieku. W środkowej niszy jest to figura Jezusa, a po bokach święci Piotr i Paweł. Wszystkie trzy pierwotnie było polichromowane, ale usunięto kolory w 1933 roku.
Kondygnacja górna jest również podzielona na trzy pola – tu podziały wyznaczają podwójne jońskie pilastry, na których opiera się belkowanie. W wyniku rozbudowy klasztoru zyskała jednak asymetryczny kształt – ponieważ w 1972 dobudowano trzecie piętro w budynku klasztornym, stojącym przy kościele, zostało podwyższone również boczne pole fasady i połączone z polem środkowym wspólnym, trójkątnym przyczółkiem, zwieńczonym krzyżem. Pole boczne po prawej stronie fasady jest zwieńczone obeliskiem. Na osi fasady umieszczono duże okno, zamknięte półkoliście, ujęte w nawiązujące do portalu wejściowego obramienie, zwieńczone przyczółkiem z segmentowym łukiem. Od strony ul. Św. Tomasza widzimy elewację północno-wschodnią kościoła – trzy wysoko umieszczone, zamknięte półkoliście okna i lizeny odpowiadające podziałowi wnętrza na przęsła. Kościół nakryty jest dwuspadowym dachem z wieżyczką na sygnaturkę, postawioną w 1881 roku.
Wnętrze kościoła tworzą trzy prostokątne przęsła – jedno z nich zajmuje prezbiterium, dwa pozostałe to nawa kościoła oraz kruchta. Cała przestrzeń kościoła przekryta jest wspólnym sklepieniem kolebkowym na gurtach, prezbiterium nie jest w wyraźny sposób oddzielone od nawy. Wszystkie ściany kościoła i sklepienie mają jednolity, neutralny kolor ze złotymi elementami (belkowanie, sklepienie). Przęsła wydzielone są przez zdwojone toskańskie pilastry, na których oparte jest profilowane belkowanie. W górnych strefach ścian bocznych – powyżej belkowania znajdują się okna.
Prezbiterium zamknięte jest prostą ścianą, przy której ustawiony jest dwukondygnacyjny, późnobarokowy ołtarz. Datowany jest na początek XVIII wieku, powstał w warsztacie działającego na terenie Krakowa snycerza Jerzego Hankisa. Ołtarz jest cały pomalowany na biało, liczne elementy konstrukcji i wszystkie elementy dekoracyjne zostały pozłocone. Wśród bogatej snycerskiej dekoracji ornamentalnej pojawiają się figurki aniołków, płyciny z kompozycjami ornamentalnymi, a przede wszystkim ornamenty roślinne, nawiązujące do motywu suchego akantu – uznaje się je za element charakterystyczny dla dzieł Hankisa i jego warsztatu.
Pole centralne w pierwszej kondygnacji ołtarza flankują cztery smukłe, w całości pozłocone kolumny. Przy tych kolumnach ustawiono dwa posągi aniołów w złotych szatach i z dużymi, złotymi skrzydłami - posągi wykonał snycerz Wojciech Brzeski. Główny obraz w ołtarzu to wizerunek Matki Boskiej Szkaplerznej, który pochodzi z początku XVII wieku (został odnowiony w 1914). Obraz ten jest czasami przesłaniany zasuwą z przedstawieniem Zesłania Ducha Świętego, namalowanym w 1923 przez Jana Bąkowskiego. W drugiej kondygnacji ołtarza – znacznie mniejszej niż dolna – również pojawiają się złote kolumny, między nimi umieszczono ośmioboczny obraz św. Tomasza z początku XVIII wieku. Ołtarz zwieńczony jest przerwanym przyczółkiem, całość domyka wieńcząca go duża, promienista gloria z gołębicą symbolizującą Ducha świętego.
Po lewej stronie prezbiterium znajduje się przejście do zakrystii, ujęte prostym kamiennym portalem z początku XVII wieku. Po prawej stronie, przy pilastrze dzielącym przęsło prezbiterium od nawy stoi barokowa ambona, ozdobiona złotymi ornamentami i figurą anioła w zwieńczeniu. Jest to prawdopodobnie również dzieło warsztatu Jerzego Hankisa, powstałe na początku XVIII wieku.
W drugim przęśle kościoła między pilastrami utworzone są płytkie wnęki, w których ustawiono dwa ołtarze boczne. Obydwa pochodzą z początku XVIII wieku, mają identyczny kształt i bogatą dekoracją snycerską z figurkami aniołków i motywami roślinnymi. W ołtarzu po lewej stronie został umieszczony duży krucyfiks z figurą Chrystusa, wykonany około połowy XVII wieku. Krucyfiks powieszono na tle malowidła z widokiem Jerozolimy. W zwieńczeniu ołtarza znajduje się wizerunek nieokreślonego świętego. W drugim ołtarzu bocznym umieszczono wizerunek Matki Boskiej z Dzieciątkiem, którym towarzyszą święci i prorocy – są tam między innymi prorocy Eliasz i Elizeusz, trzej święci papieże: Albert Jerozolimski, Telesfor i Dionizy, św. Bertold z Kalabrii i św. Cyryl. W zwieńczenie tego ołtarza znajduje się obraz św. Reginy.
Poza tym w nawie kościoła ustawione są ławki z XVIII - XIX wieku, XVII-wieczny konfesjonał, a na ścianach zobaczyć można między innymi barokowy portret św. Marty czy wizerunek siostry Nimfy Kazimiery Suchońskiej, namalowany przez Jana Bąkowskiego. W kruchcie kościoła zobaczymy czarną, marmurową kropielnicę z XVIII wieku oraz późnobarokową figurę Chrystusa Bolesnego z 2. połowy XVIII wieku. Nad kruchtą znajduje się drewniany chór muzyczny, który w 2. połowie XIX wieku został powiększony. Stoją tam stalle z 2. połowy XIX wieku oraz zbudowane na początku XX wieku organy z neoklasycystycznym prospektem.