Nazwa Kantorowice, dawniej Cantorouici, Canorouicze, Kantorowicy ma charakter patronimiczny, pochodzi od słowa kantor, osoby duchownej w kapitule, która w średniowieczu była odpowiedzialna za chór kościelny.

           Wieś Kantorowice była położona 10,5 km na północny - wschód od centrum Krakowa. Graniczyła od zachodu i południowego - zachodu z Zesławicami, od północy z Zastowem oraz Prusami, od wschodu na krótkim odcinku z Luboczą, od południa z Grębałowem. Zabudowa wsi miała charakter pasmowy, typu szeregówki. Najstarsze średniowieczne skupisko osadnicze powstało w rejonie dzisiejszej ulicy Zakole, wzdłuż tej ulicy wykształcił się układ zabudowy o charakterze niepełnej okólnicy. Obecnie zabudowa rozciąga się również wzdłuż ulic Zakola i Kantorowickiej.

           Od średniowiecza do czasów współczesnych przynależała do parafii pod wezwaniem św. Małgorzaty w Raciborowicach. W 1994 została erygowana parafia w Kantorowicach pod wezwaniem św. Stanisława BM.

           Wieś po raz pierwszy wzmiankowana w źródłach w 1288 jako Cantorouici. Przed rokiem 1288 wieś stanowiła własność klasztoru Bożogrobowców w Miechowie. W 1288 książę Leszek Czarny zatwierdził ugodę zawartą pomiędzy prepozytem klasztoru miechowskiego Piotrem, a komesem Krzesławem. W wyniku transakcji Krzesław uzyskał Kantorowice w zamian za posiadłość w Krzesławicach. W 1. połowie XIV wieku wieś należała do rodu Bogoriów. W 1360 Świętosław (Święsław) herbu Bogoria, kantor gnieźnieński zastawił swoją część Kantorowic Rafałowi z Tarnowa (zm.1372/1373) podkomorzemu sandomierskiemu, kasztelanowi wiślickiemu. W 1373 królowa Elżbieta Łokietkówna przeniosła Kantorowice z prawa polskiego na prawo średzkie. Przed rokiem 1395 Kantorowice były w posiadaniu Paszka z Barućwierdzy. W 1395 wieś zakupił Hanek z Chełmu (zm. przed 1397) przedstawiciel wpływowej w ziemi krakowskiej rodziny Chełmskich. W 1404 Piotr, Imram, Jan i Hanek, synowie wspomnianego Hanka z Chełma sprzedali Kantorowice klasztorowi Cystersów w Mogile. Zakupu dokonał w imieniu klasztoru opat mogilski Jan Stechir (Stecher).

            Król Władysław Jagiełlo w 1404 potwierdził dokument nabycia Kantorowic przez klasztor mogilski. W 1407 wspomniany władca uwolnił wieś od wszelkich robocizn i świadczeń przysługujących królowi, rezerwując dla siebie tylko sep owsa czyli roczną daninę, uiszczaną w zbożu. Według relacji Jana Długosza z 1470 - 1480 wieś była własnością klasztoru mogilskiego, posiadała 7,5 łanów kmiecych, znajdowała się tu karczma. Rejestr poborowy województwa krakowskiego z 1629 odnotował, że wieś Kantorowice była własnością klasztoru mogilskiego. W 1791 wieś nadal stanowiła własność klasztoru Cystersów w Mogile. Liczyła wówczas 101 mieszkańców, 14 domów, znajdował się tu dwór. W latach Rzeczypospolitej Krakowskiej wieś przynależała do gminy Mogiła. W latach trzydziestych XIX wieku Komisja Włościańska dokonała oczynszowania wsi. W 1880 wieś liczyła 184 mieszkańców oraz 25 domów, posiadłość ziemska należała do klasztoru Cystersów w Mogile. W 1931 wieś liczyła 53 budynków, 291 mieszkańców. W 1943 wieś liczyła 489 mieszkańców. W 1950 państwo przejęło folwark klasztorny Cystersów.

            W latach 1984 - 1990 wzniesiono w Kantorowicach kościół pod wezwaniem św. Stanisława BM. Projekt bryły kościoła opracował inż. architekt Roman Łomnicki. W ołtarzu głównym znajduje się obraz „Apoteoza św. Stanisława” namalowany przez malarza Piotra Moskala. Nad chórem kościelnym umiejscowione jest centralne okno wypełnione witrażem z przedstawieniem św. Jadwigi Królowej Polski. W kościelnych zbiorach znajdują się zabytki barokowe: XVII-wieczny krucyfiks oraz figury dwóch aniołów, umieszczone po bokach tabernakulum.

            Kantorowice zostały włączone do Krakowa w 1951 jako LVII dzielnica katastralna, która stanowiła część dzielnicy administracyjnej Nowa Huta. Od 1991 wieś należała do XVII dzielnicy samorządowej Grębałów, od 25 maja 2006 do dzielnicy XVII Wzgórza Krzesławickie.